Las causas están asociadas a factores genéticos, de igual manera cuando hay alguna alteración sistémica es bastante probable que se produzcan una agenesia dental. Es el resultado de un trastorno de la lámina dental, que impide la formación del germen dental.
La dentición permanente es la más afectada, cualquier diente puede estar ausente, pro los más frecuentes son los terceros molares, incisivos laterales maxilares, y los segundos premolares mandibulares.